"De en poder de los moros pasó al poder de los cristianos", según dicen las Relaciones de Felipe II, lo cierto es que es el documento más antiguo en el que aparece Valdeconcha, es del año 1124 en el que se describen los alfoces de Zorita y Almoguera, y en el que viene descrita Valdeconcha como Vallis Conche. En el año 1085 cuando toda la comarca de la Baja Alcarria fue conquistada a los sarracenos por castellanos aventúrenos al mando del burgalés  Alvar Fáñez de Minaya, que la poseyó en su nombre hasta su muerte, en tiempos del rey Alfonso VI "El Bravo", Valdeconcha, siendo aldea de Zorita pasó a manos del monarca castellano.

     Lo cierto es que reinando Alfonso VII, Valdeconcha aparece como lugar de realengo, toda esta zona fue repoblada en el año 1148 por francos, castellanos y vascos, pero sobre todo por mozárabes y judíos procedentes de Aragón, más concretamente de la zona de Calatayud.

      Alfonso VIII, dona el castillo de Zorita, incluido el lugar de Valdeconcha en el año 1174, a la Orden de Calatrava.

      El 8 de Julio de 1495 en la ciudad de Burgos, Fernando de Aragón, el rey Católico, concede el título de Villa a Valdeconcha, desde entonces tiene "jurisdicción por si e sobre sí". Valdeconcha está en el reino de Toledo, en la Alcarria, en la provincia de Zorita.

       En 1497 según los visitadores del arzobispado de Toledo, a cuyo cargo estaba el cardenal Jiménez de Cisneros, la villa de Valdeconcha es de 80 vecinos, unos 317 habitantes.

       En 1521 Valdconcha, se declara comunera junto a las villas de Fuentenovilla, Yebra, Hueva y Moratilla. En Agosto de 1521 hay una negativa de estas villas a pagar nuevos impuestos "a los nuevos gobernadores del reyno".

        En el año 1534 ya estaba terminada la sede de la Audiencia calatrava, cuya cámara superior será para cámara de Ayuntamiento del concejo de la villa. También en 1534, en Valdeconcha existe un molino de harina, otro de aceite, dos hornos de pan cocer, un hospital regentado por el concejo, una bodega tercia, una carnicería, una herrería, una posada, una fuente con dos caños en la plaza con un pilón para el ganado, una presa con sus tajamares sobre el río y además tenía ya la mayoría de sus calles empedradas. Y se realizó el amojonamiento y lindes con "La Común" de las trece villas.

         El día de San Miguel, el 29 de Septiembre de 1535, se deberían haber terminado las obras del puente de piedra sobre el río Arlés, que tenía el ancho de una carreta, pero en realidad se terminan las obras en el verano de 1548 por el maestro cantero de Guadalajara Pedro de Medina, que había realizado obras en el puente de Zorita y en el palacio de Pastrana, y por los maestros canteros guipuzcuanos Miguel de Ysla y Esteban de Regil.

        En 1540 nace en la villa de Valdeconcha, en casa de labradores, Antonio Pérez del Hierro, futuro secretario de estado del rey Felipe II. Donde se criaría hasta la edad de 12 años, que partiría a la ciudad flamenca de Lovayna para empezar su educación humanística.

        En el año 1542, se enajena la villa de Valdeconcha de la Orden de Calatrava, por parte del Emperador Carlos  V y la vende al Doctor Martín Tristán Calvete, obispo de la sede de Oviedo, de origen hidalgo de la villa de Pastrana. Siendo señorío independiente hasta el siglo XIX, en el que desaparecen los señoríos en España. El obispo Calvete construyó una enorme iglesia de estilo románico sobre otra más antigua, la de Santa María, en la que todavía se puede observar un arco de medio punto sobre la pila bautismal, se trata de Nª Señora de la Asunción, cuyo retablo desaparecido fue proyectado por el pintor Juan Pantoja de la Cruz y el escultor toledano Miguel González, que empezó los trabajos en el año 1600, siguiendo dichos trabajos por Bartolomé del Río Berni y Alonso Torres en el año 1620 y finalmente terminados por Miguel González y su hijo Francisco González Sierra el 31 de Enero del año 1632 por el precio de 6.000 reales. La actual iglesia esta construida en piedra de sillar con contrafuertes y una torre sobre el muro de poniente, es de severas líneas clásicas. La construcción actual data del siglo XVI. En el año 1819 se reformó el templo y se reedifico parte, debido a su deterioro en el tiempo y a los problemas que dejó el terremoto de Lisboa de 1º de Noviembre de 1755 y que dejó el edificio algo quebrado en su estructura, además de los más que posibles desmanes y saqueos protagonizados por las fuerzas francesas en la Guerra de la Independencia.

       El 25 de Agosto de 1548 se celebró una feria y mercado en la villa de Valdeconcha. Se confirma por una carta firmada por el licenciado Blasco Ruiz el 25 de Agosto de 1548, dada en la villa de Valdeconcha.       

       En el año 1570 ingresa en el convento carmelita de Pastrana, fundado por Santa Teresa de Jesús, sor María de la Visitación, monja carmelita nacida en Valdeconcha hacia el año 1552. Coincidió con la santa en tres ocasiones, se marchó a Segovia tras ordenar Santa Teresa el abandono del convento de Pastrana y acabó sus días como priora del convento de San José de las carmelitas descalzas de la ciudad de Zaragoza.

       El 27 de Octubre de 1575 se realizan las Relaciones Tográficas de la villa de Valdeconcha, siendo la primera que se hizo en todo el reino de Castilla, se realizó por una comisión del Concejo de la Villa, por los señores, elcanónigo Juan Pérez del Moral, el BachillerBrice y Juan Carabaño, vecinos de esta Villa, ante mí Pedro Joan, Escribano del Concejo. Juan Calvete es el señor de la villa que erigió un palacio en lo más alto, cerca de la Iglesia.

       Según el censo de millones del año 1591, para paliar los gastos ocasionados por la Armada Invencible, la hacienda real dice que la villa de Valdeconcha tiene 325 vecinos, de los cuales 317 son pecheros y 8 son eclesiásticos, lo que supone unos 1.276 habitantes.

     En el año 1616 nace en Valdeconcha D. Pedro Tovar y Buendía, que emigró al Nuevo reino de Granada, actual Colombia, y fue procurador de las ciudades de Tunja y Santa Fe, murió en la ciudad de Santa Fe en  1663. No es el único Valdeconchero en ir al Nuevo Mundo en 1569 fue Juan de la Cruz a Santo Domingo como criado del clérigo Juan de Escudero, en el año 1608 Juan Pérez y María Cano van a Puerto Rico como criados del teniente D. Alonso de Ciancas, ayudante del Gobernador de dicha isla el capitán D. Gabriel de Rojas y Páramo, y en 1613 Miguel Díaz Caravaño va a Méjico como criado del Corregidor D. Alonso Tello de Gúzman.

     Según el censo de la Sal del año 1631 Valdeconcha tenía 227 vecinos, unos 908 habitantes.

     Durante la guerra de la sucesión de la corona de España, entre los Borbones y los Austrias, la villa de Valdeconcha sufrió un desmán ocasionado por tropas austracistas, en la mañana del 5 de Diciembre de 1710, el príncipe cardenal acompañado de ocho o diez soldados napolitanos se presentaron en dicha villa y saquearon las casas de los sacerdotes, hasta dejarles desnudos, aunque ya con anterioridad a esa fecha, en varias ocasiones entraron en el pueblo destacamentos de tropas partidarias del pretendiente austriaco.

     El 3 de Abril de 1752 se realiza en la villa de Valdeconcha el censo e interrogatorio del marqués de la Ensenada, en la villa tiene 125 vecinos, unos 485 habitantes.

     En el año 1802, Don Marcelino Sanz Amayas, médico de Sacedón prueba una de las primeras vacunas contra la viruela en distintas localidades de la Alcarria, entre ellas en Valdeconcha donde vacunó con éxito a 5 personas de ambos sexos.

     En el año 1810 el capitán de provinciales de Sigüenza don Marcelo Díaz, natural de Valdeconcha, organizó las tropas alcarreñas de Juan Martín Díez el "Empecinado", Ayudado por un primo del "Empecinado", llamado don Mariano de Navas, y por su amigo don Segundo Antonio Berdugo, los tres formaron los batallones llamados "Voluntarios de Guadalajara" y "Tiradores de Sigüenza". Realizando con ellos importantes operaciones que dieron lugar a que José Bonaparte, conociendo el valor y el poder del "Empecinado", enviase contra él al general José Leopoldo Hugo (padre del poeta de este apellido) que, con la promesa de hacer prisionero al guerrillero y llevarle a Madrid, vino a Guadalajara, haciendo víctimas de todo género de crueldades y tropelías a sus habitantes. No pudo, sin embargo, cumplir su promesa, pues el caudillo y sus guerrilleros, incansables, desconcertaban a las tropas francesas fatigándolas, mientras ellos desarrollaban actividad, resistencia y energía extraordinarias.

     En 1834 se crean las actuales provincias, Valdeconcha queda en la actual provincia de Guadalajara y en el partido judicial de Pastrana, hasta entonces y al menos desde el año 1490 se pertenecía a la antigua provincia de Madrid, en el partido de Almonacid de Zorita, en la Alcarria.

     El 16 de Octubre de 1837 a las once de la noche, fue invadida la villa de Valdeconcha por 300 carlistas de infantería y caballería mandados por el titulado coronel Joaquín Béjar, los cuales evacuaron la localidad a las dos de la madrugada sin haber cometido - !rara avis! - ningún desmán, más que el consumir todo el aguardiente que había en el puesto público, retirándose por el camino de las casas del monte Anguix.

     El plano del Real Sitio y Santo Desierto de Santa María del monte Carmelo de Bolarque, fue realizado por D. Pedro Villalva en el año 1838, D. Pedro fue maestro de Valdeconcha más de treinta años hasta el año 1890 fecha de su jubilación.

     Hubo en España 3 epidemias de cólera, en Valdeconcha dos de ellas hicieron grandes estragos, la de 1833-34, en la que se prohibió enterrar en las iglesias, para frenar la epidemia, como consecuencia de ello en Valdeconcha el camposanto o cementerio salió extramuros y se ubicó en la ermita de San Sebastián en el camino hacia Alhóndiga. Y la epidemia de 1853-55, en la por ejemplo en el mes de Agosto de 1855 hubo 27 personas invadidas por la enfermedad, 20 se curaron y hubo 2 muertos, lo que hace pensar en las terribles consecuencias que tuvo el cólera en la villa. La última fue en 1885.

        El Diccionario de Pascual Madoz de 1845 dice de Valdeconcha que tiene 136 vecinos con 533 habitantes y cuenta con 165 casas.

        En el catálogo de montes públicos exceptuados de la desamortización de 1864, viene descrito el monte como "El Pinar", que pertenece al pueblo de Valdeconcha, antes se denominaba monte "de las Umbrias" Confina: al Norte, con el Plantío y terrenos labrados, al Este con terrenos labrados, al Sur con el común de las trece villas, al Oeste con el camino de Pastrana y heredades particulares. La especie dominante es el pino albar (Pinus sylvestris, L.). Dentro del partido judicial de Pastrana es el único monte de pinos, con una extensión de 120 hectáreas, los otros 16 montes más de este partido judicial de Pastrana son de roble, con 4.002 hectáreas.

      El 23 de Febrero de 1874 nace en Valdeconcha Pedro Bueno Martínez, maestro de esgrima en la modalidad de florete, ya en el año 1900 competía en diversos torneos y competiciones a nivel internacional e incluso en exhibiciones de esgrima, pertenecía a la famosa sala madrileña Carbonell, cuyos maestros de esgrima eran parientes suyos y también descendientes de Valdeconcha, los maestros Pedro y José Carbonell Bueno, los descendientes de estos fundaron la Federación de Esgrima de Madrid en 1951. Pedro Bueno Martínez muere en su localidad natal el 4 de Diciembre de 1941, es el primer deportista de élite nacido en Valdeconcha.

      En el Boletín de la Comisión del Mapa Geológico de España de 1882, en la descripción agrícola y forestal de la provincia de Guadalajara realizada por Carlos Castel e inspeccionada por la Comisión Ejecutiva de dicho Mapa Geológico de España, en el catálogo de plantas recogidas en la provincia de Guadalajara, hace mención de varias plantas recogidas y catalogadas por el Sr. Castell en el término de Valdeconcha, además de las ya mencionadas anteriomente, se encuentra el Pinus Halapensis, perteneciente a la familia de las Abletíneas, conocido como pino carrasco el Senecio gallicus, conocida como árnica falsa y el El pinus halapensis, conocido como pino carrasco. Además se recogió y catalogó la Reseda Lutea, de la familia de las Resedaceas, El tamaño máximo es de 80 cm., crece en los márgenes de los caminos, bordes de cultivos y zonas nitrificadas y perturbadas, son plantas herbáceas raramente su arbustivas, de flores pequeñas con 2 a 8 pétalos, inflorescencias abiertas en racimo o en espiga, fruto capsular, en roseda. Y el Linum suffruticosum, de la familia de las Lineas. Pertenece a la misma familia que el lino cultivado (linum usitattismun), es de flores blancas, mientras que el de las Lineas son de flores azulas o amarillas.

     Los trabajos topográficos realizados durante las campañas de primavera y verano de 1894 por la Sociedad Geográfica, de la que se han ocupado 43 brigadas, distribuidas en cinco regiones, denominadas en Sevilla, Jaén, Granada, Guadalajara y Málaga, cuyos centros tienen la residencia en las respectivas capitales, tanto durante los trabajos de campo como en los de gabinete. En la región de Guadalajara se ha ocupado en la planimetría, nivelación y planos de las 119 diferentes poblaciones y dos comarcas, entre ellas, la de la localidad de Valdeconcha.

      En Mayo de 1895 se crea la Hermandad de la Virgen de Mayo, Virgen de las Candelas, que traslada parte su fiesta de febrero a Mayo, con 17 hermanos, siendo su primer priostre (prioste) Juan José Picazo Díaz, actualmente el número de hermanos es de 26, todos ellos varones, al parecer según el libro de la hermandad fue a causa de las malas cosechas por lo que se sacó la Virgen de las Candelas en Mayo, siendo su recorrido por el camino hasta el cementerio y el molino de harina, a dar la vuelta por las puentes de cantarranas y de ahí por el camino de las noguerillas, al llegar al camino se puso el cielo oscuro y se puso a llover llegando al pueblo por San Roque y el puente con lluvia recia. El día 15 de Mayo son las vísperas y el 16 la fiesta, actualmente se ajusta al fin de semana más cercano a su fecha inicial, el sábado por la noche se hacen "las luminarias", hogueras en honor a la Virgen de las Candelas.

     En 1898 de la guerra Cuba, Puerto Rico y Filipinas los valdeconcheros implicados en el conflicto fueron por una parte militares, soldados de reemplazo que les tocó hacer el servicio militar en ultramar, y religiosos que estaban destinados por su orden religiosa en esos territorios. De los primeros algunos fueron distinguidos como Antonio García "El tío Pancho" o Cresencio Sánchez Martínez, otros fallecieron como Benito Bueno Lozano y Juan de la Fuente Alonso, a causa de las enfermedades. En total parece que fueron 8 las personas que intervinieron en el conflicto, todos ellos en Cuba. De los religiosos cabe destacar a los padres franciscanos Gregorio Picazo Alcocer y Clemente Bronchalo López, que estuvieron en las islas Filipinas.

     En 1898 hay en Valdeconcha 525 habitantes.

     Durante el año 1913 y hasta 1930 desaparece el 90 % del viñedo de Valdeconcha, por culpa de la epidemia de la filoxera, las primeras bodegas datan de 1495 y en 1541 ya estaban casi todas ellas terminadas, durante la administración calatrava el viñedo fue importantísimo, siendo una de las bases de la economía de Valdeconcha, junto con el aceite y el carbón vegetal, que también desapareció en el primer tercio del siglo XIX, ya que al explotarse el carbón mineral se deja en segundo plano el vegetal, menos duradero y por tanto menos rentable.

      En 1917 José Royo Gómez realizó su actividad científica y sus observaciones medioambientales en la Sierra de Altomira en el año 1917, publicando su trabajo en 1918, donde incluye una fotografía y observaciones sobre el Cerro del Calvario de Valdeconcha. En dicha fotografía comenta que el Cerro del Calvario es del Mioceno, Neógeno, sito en Valdeconcha

      En el año 1922 se data en Valdeconcha el primer terremoto de España estudiado de una manera veraz y técnica, lo realizó Alfonso Rey Pastor, comandante de estado mayor, ingeniero geógrafo y jefe de la estación sismológica central de Toledo, realizó este estudio sobre el terremoto de Valdeconcha del 3 de Junio de 1922, es el primero de los estudios de terremotos que de una manera científica se realizó en España.        

       En el mes de Mayo de 1926 Tomás Camarillo realiza una fotografía de la plaza de la Fuente, en la que aparece numeroso público, el mayo y un vehículo con una antena en el que se hacían pruebas radiofónicas por diferentes pueblos de la provincia de Guadalajara. Dicha fotografía aparece en la portada del libro "cien años de imágenes" editado por el Ayuntamiento de Valdeconcha.

       En 1930 había 138 cédulas con 536 habitantes.

       En 1936 el Alcalde Francisco Picazo González realiza las obras de la fuente nueva y del lavadero, que no existía desde 1904.

       En 1970 se realiza la concentración parcelaria en Valdeconcha.

       En los años 2005 y 2013 se producen dos incendios en el término de Valdecocha, especialmente doloroso y triste fue el del 6 de Agosto del 2013 en el que se quemó el "pino", el pino piñonero enfrente del pueblo y uno de sus símbolos, que tenía más de 300 años el viejo "doncel", y además la localidad se vio cercada por el fuego en sus tres cuartas partes, siendo un "milagro" el que no hubiese grandes desperfectos materiales ni humanos, según relataba a la prensa el alcalde José Antonio de la Fuente Lozano.

    En el 2015 había 38 personas empadronadas y 9 viviendo en Valdeconcha. El día de Navidad del año 2013 sólo hubo 4 personas en el pueblo.

    Recientemente el 24 de Septiembre del 2016, se inauguró un paseo en la antigua carretera, el paseo Antonio Pérez del Hierro, natural de Valdeconcha, nacido en el año 1540 y muerto en Paris en 1611, polémico secretario de estado de Felipe II, perseguido, acusado y vilipendiado en vida, por la muerte de Juan de Escobedo, secretario de D. Juan de Austria y por la presunta veta de secretos de estado a los enemigos del rey prudente. Perdonado y rehabilitado por la inquisición en el año 1614. Ese día se realizó una jornada para divulgar y dar a conocer la persona del secretario Antonio Pérez y su vinculación con la villa de Valdeconcha.